根治直肠炎目前没有绝对能完全根治且适用于所有人的单一方法，但可以通过综合治疗来有效控制病情。一般来说，治疗周期可能需要数周甚至数月不等。
药物治疗方面
氨基水杨酸制剂： 常用的有柳氮磺吡啶，它可以作用于肠道局部，抑制炎症反应。不过，部分人服用后可能会出现恶心、呕吐等胃肠道不适症状。糖皮质激素： 如泼尼松等，对于重度直肠炎患者效果较好，能快速减轻炎症，但长期使用可能会有骨质疏松、免疫力下降等副作用，需在医生严格监测下使用。
生活方式调整
饮食方面： 要避免食用辛辣、油腻、刺激性食物，比如辣椒、油炸食品等。同时，要保证充足的营养摄入，多吃富含蛋白质和维生素的食物，像鸡蛋、牛奶、新鲜蔬菜（如菠菜、西兰花）和水果（如苹果、香蕉）等。一般建议每天摄入足够的蔬菜500克左右、水果200 - 300克。作息方面： 要保证充足的睡眠，每天尽量保证7 - 8小时的睡眠时间，良好的作息有助于身体的自我修复，促进直肠炎的恢复。
局部治疗手段
灌肠治疗： 对于直肠炎局部炎症明显的情况，可采用药物灌肠的方法。例如，使用美沙拉嗪灌肠液直接作用于直肠病变部位，能更直接地发挥抗炎作用。但在灌肠过程中，要注意动作轻柔，避免损伤肠道黏膜。栓剂治疗： 像美沙拉嗪栓剂，塞入直肠后可以在局部发挥抗炎作用，使用时要注意正确的插入方法，保证栓剂能到达病变部位。
定期复查
直肠炎患者需要定期进行肠镜复查，一般建议3 - 6个月复查一次肠镜，通过肠镜检查可以观察直肠黏膜的恢复情况，以便及时调整治疗方案。如果发现病情有变化，能尽早采取相应的措施进行处理。