肾囊肿初期通常没有明显症状，部分人可能会有腰部隐痛等表现。一般来说，多数肾囊肿初期无症状，往往是在体检做B超等检查时被发现。
症状表现不明显的情况
很多肾囊肿患者在初期并没有特殊的自觉症状，身体也不会有明显的异常改变，这是因为囊肿较小时，对肾脏组织的压迫等影响非常轻微，所以身体不会出现明显的不适反应，往往是通过体检等偶然发现肾脏存在囊肿。
可能出现的轻微腰部不适
部分患者初期可能会有腰部隐痛或胀痛的感觉，这种疼痛一般比较轻微，程度不重，可能容易被忽视。比如有的患者会感觉腰部有隐隐的不舒服，但不会影响正常的生活和工作，很多时候会以为是劳累等原因引起的，而没有联想到是肾囊肿导致。
血压可能出现的轻微波动
少数肾囊肿初期患者可能会出现血压轻度升高的情况。这是因为囊肿对肾脏局部的血流等产生一定影响，进而可能引起血压有小幅波动，但这种血压升高一般也不会很明显，可能只是比正常范围略高一点，需要通过血压测量才能发现。
尿液方面的轻微改变
个别肾囊肿初期患者的尿液可能会有轻微改变，比如尿常规检查时可能会发现有少量红细胞等，但这种改变非常轻微，不仔细检查可能不容易察觉，而且单纯尿液的轻微改变也很难仅凭此就判断是肾囊肿引起，还需要结合其他检查综合判断。