吃了治幽门螺杆菌的药胃反而更难受，可能是药物的不良反应所致。通常在使用含铋剂、抗生素等的四联疗法时较常见，大约有10% - 20%的人可能出现胃肠道不适反应。
药物本身的不良反应
抗生素引起的不适： 比如阿莫西林、克拉霉素等抗生素，可能会刺激胃肠道。克拉霉素可能导致约10%的人出现恶心、呕吐等症状，阿莫西林也可能引发胃肠道不适，约有5%左右的人用药后会感觉胃部不适。这些抗生素会破坏胃肠道内的正常菌群平衡，从而引起难受的感觉。铋剂导致的情况： 胶体果胶铋是常用的铋剂，部分人服用后可能会出现口中有金属味，还可能导致大便发黑，这会让一些人心理上感觉不适，也可能伴有胃部稍微难受的情况，大概有3% - 5%的人会出现这类表现。
个体差异因素
胃肠道敏感人群： 本身胃肠道比较敏感的人，对药物的耐受性较差。比如一些本身就有慢性胃炎，或者胃肠道黏膜比较脆弱的人，在服用治幽门螺杆菌的药物后，就更容易出现胃难受的情况。这类人群约占总用药人群的15%左右。年龄因素影响： 老年人的胃肠道功能相对较弱，对药物的代谢和耐受能力不如年轻人。老年人在服用治幽门螺杆菌的药物时，出现胃难受的概率比年轻人高，大概高10%左右。而儿童由于胃肠道发育还不完善，在使用相关药物时，出现胃肠道不适的风险也相对较高。
用药方式不当
服药时间不对： 有些药物需要在饭前吃，有些需要饭后吃，如果没按照正确的时间服药，就可能刺激胃。比如克拉霉素一般建议饭后服用，如果饭前吃，就更易引起胃部难受，大约有20%没按正确时间服药的人会出现胃难受加剧的情况。服药剂量问题： 虽然药物都有常规的剂量，但如果自行增减剂量，也可能导致胃难受。比如应该吃规定剂量的阿莫西林，自己多吃了，就可能加重对胃的刺激，约有8%自行改变剂量的人会出现胃更难受的现象。