卵巢囊肿的治疗需根据囊肿性质、大小等因素决定。一般来说，直径小于5厘米且无明显症状的生理性囊肿，有一定自行消失的可能，可定期（通常3~6个月）复查B超观察变化。
生理性囊肿的观察处理
无症状小囊肿： 对于直径≤5厘米的生理性卵巢囊肿，比如滤泡囊肿或黄体囊肿，很多会在月经周期变化中自然消退，这时候主要就是定期复查超声，观察囊肿大小变化。一般建议每3~6个月做一次B超检查，监测囊肿是否缩小或消失。观察中的注意事项： 在观察期间，如果出现下腹部突然剧痛等异常情况，要及时就医，因为少数生理性囊肿可能发生破裂或扭转等急腹症情况。
病理性囊肿的治疗方式
手术治疗情况： 当囊肿直径大于5厘米，或者怀疑为病理性囊肿（如巧克力囊肿、浆液性囊腺瘤等）时，通常需要手术治疗。手术方式有腹腔镜手术和开腹手术等。腹腔镜手术是微创手术，具有创伤小、恢复快等优点，一般术后住院3~7天左右就能恢复。对于年轻有生育需求的患者，会尽量保留卵巢功能；而对于年龄较大、无生育需求且囊肿为恶性倾向的患者，可能需要切除患侧附件甚至更广泛的组织。药物辅助情况： 对于一些特殊类型的病理性囊肿，比如子宫内膜异位症引起的巧克力囊肿，除了手术外，可能会辅助药物治疗。常用的药物有GnRH-a类药物，使用这类药物可以抑制卵巢功能，缩小囊肿体积，但一般需要连续使用3~6个月，不过长期使用可能会有骨质疏松等副作用风险，需要在医生监测下使用。
恶性囊肿的综合治疗
多学科协作治疗： 如果卵巢囊肿是恶性的，如卵巢癌，通常需要综合治疗。首先可能需要手术切除肿瘤，术后还需要根据病理分期等情况进行化疗，化疗一般需要进行多个疗程，比如通常是3~6个疗程，具体根据患者情况而定。有的还可能结合靶向治疗等新兴治疗手段，整个治疗过程需要妇科、肿瘤科等多学科医生共同参与制定方案，治疗周期较长，患者需要有足够的耐心和积极配合治疗。