头疼肠胃不舒服可能由胃肠功能失调、慢性胃炎等引起，可遵医嘱通过口服药物治疗。
一、胃肠功能失调：
1.通常是肠道菌群紊乱所致，常出现头疼、腹痛、胃部不适、恶心、呕吐、腹胀等症状。
2.治疗可在医生指导下口服双歧三联杆菌活菌胶囊、曲美布汀片等药物。日常饮食建议多吃易消化食物，如小米粥、面条等，也可多吃新鲜蔬菜和水果，如西红柿、苹果等。
二、慢性胃炎：
1.是指多种原因导致的胃黏膜慢性炎症，多由幽门螺杆菌感染引起，常有胃部不适、腹痛、腹胀、头疼等症状。
2.可在医生建议下使用药物治疗，如奥美拉唑肠溶胶囊、雷尼替丁片等。
总之，当出现头疼肠胃不舒服时，应明确具体病因，然后在医生的指导下进行针对性的治疗和调理，以促进身体恢复健康。