结膜炎有多种类型，用药也不同。一般来说，细菌性结膜炎常用抗生素类眼药水，比如左氧氟沙星滴眼液，它能抑制细菌生长繁殖来对抗感染，通常能较快缓解症状；病毒性结膜炎可选用抗病毒眼药水，像阿昔洛韦滴眼液，可针对病毒发挥作用；过敏性结膜炎则多用抗过敏的眼药水，如色甘酸钠滴眼液，能减轻过敏引起的眼部不适。
细菌性结膜炎常用眼药水
左氧氟沙星滴眼液： 属于喹诺酮类抗生素，通过抑制细菌DNA旋转酶，阻碍细菌DNA复制，从而达到杀菌效果，对多种引起细菌性结膜炎的病菌有抑制作用。妥布霉素滴眼液： 也是常用的针对细菌的眼药水，它能干扰细菌蛋白质合成，起到抗菌作用，尤其适合儿童细菌性结膜炎患者，相对比较安全。
病毒性结膜炎常用眼药水
阿昔洛韦滴眼液： 是一种合成的嘌呤核苷类似物，能选择性抑制疱疹病毒DNA聚合酶，阻止病毒DNA合成，对单纯疱疹病毒性结膜炎有较好的治疗作用。更昔洛韦滴眼液： 同样针对病毒，可抑制病毒的复制过程，用于治疗病毒性结膜炎时能有效减轻眼部的炎症反应等症状。
过敏性结膜炎常用眼药水
色甘酸钠滴眼液： 能稳定肥大细胞细胞膜，阻止肥大细胞脱颗粒，从而抑制组胺、5-羟色胺、慢反应物质等致敏介质释放，减轻过敏反应引起的眼部瘙痒、红肿等症状。富马酸依美斯汀滴眼液： 属于组胺H1受体拮抗剂，可选择性地阻断组胺H1受体，迅速缓解过敏性结膜炎的眼部症状，如眼痒等。
特殊人群用药注意
儿童患者： 儿童使用眼药水时要格外小心，比如儿童用左氧氟沙星滴眼液需在医生指导下，因为这类药物可能对儿童骨骼发育有潜在影响；儿童用抗过敏眼药水时，也要选择适合儿童剂型的，且要注意用药剂量和方法，避免误滴等情况。孕妇患者： 孕妇患结膜炎用药更需谨慎，像一些抗病毒或抗生素眼药水，孕妇使用前要咨询医生，因为很多药物可能通过胎盘影响胎儿，需权衡利弊后选择相对安全的眼药水来治疗。