龟头炎的治疗药物需根据病因选择，一般细菌感染引起的龟头炎可选用抗生素类药物，如莫匹罗星软膏等，通常用药后数天内症状会有所改善。
细菌性龟头炎常用药物
莫匹罗星软膏： 适用于革兰阳性球菌引起的皮肤感染。它能抑制细菌蛋白质的合成，从而发挥抗菌作用。一般局部外用，将药膏适量涂于患处，每日3次左右。红霉素软膏： 属于大环内酯类抗生素，对大多数革兰阳性菌、部分革兰阴性菌及一些非典型致病菌如衣原体、支原体均有抗菌活性。局部涂抹，一天使用2 - 3次。
念珠菌性龟头炎常用药物
克霉唑乳膏： 主要作用机制是抑制真菌细胞膜的合成，以及影响其代谢过程。用于念珠菌属所致的皮肤念珠菌病等。外用，涂于洗净患处，一日2 - 3次。咪康唑乳膏： 对念珠菌属具有抗菌作用，通过抑制真菌细胞膜的合成，以及影响其代谢过程发挥抗真菌效应。外用，早晚各1次，症状消失后应继续用药10天。
滴虫性龟头炎常用药物
甲硝唑乳膏： 甲硝唑对大多数厌氧菌具强大抗菌作用，但对需氧菌和兼性厌氧菌无作用。其作用机制可能为硝基被还原成一种细胞毒，从而作用于细菌的DNA代谢过程，促使细胞死亡。局部外用，清洗患处后，取适量本品涂于患处，每日早晚各1次。需要注意的是，在使用药物治疗龟头炎时，首先要保持局部清洁卫生，避免刺激。如果是已婚患者，其配偶同时有念珠菌性阴道炎等情况时应同时进行治疗。另外，儿童患龟头炎时用药需谨慎，应在医生指导下选择合适的药物，因为儿童皮肤娇嫩，药物吸收等情况与成人不同。