牙囊肿形成的原因主要与牙齿发育过程中的异常有关。牙囊肿是一种常见的牙源性囊性病变，它的形成往往和牙齿的发育阶段相关。比如在牙齿发育过程中，上皮剩余发生异常增殖就可能引发牙囊肿。
一、牙板剩余相关
牙板上皮剩余： 在胚胎发育时期，口腔内会形成牙板，牙板上皮剩余如果没有正常退化，就有可能发展成牙囊肿。在牙齿发育的早期阶段，牙板上皮会逐步形成牙齿的雏形，如果部分牙板上皮残留下来，并且发生增殖等异常变化，就为牙囊肿的形成埋下了隐患。剩余上皮增殖： 这些残留的牙板上皮会不断增殖，增殖到一定程度后，就会形成囊性的结构，也就是牙囊肿。增殖的上皮会包裹一些液体等成分，逐渐形成囊肿样的病变。
二、牙齿发育异常导致
成釉器发育异常： 成釉器是形成牙齿硬组织的重要结构，如果成釉器在发育过程中出现异常，比如成釉器的细胞分化、增殖等出现紊乱，就可能引发牙囊肿。例如成釉器中的某些细胞异常增殖，使得局部形成囊性的空间，里面积聚液体等物质，进而形成牙囊肿。釉质上皮剩余： 成釉器中的釉质上皮剩余也可能发生异常。当釉质上皮剩余发生增殖等改变时，会形成类似于囊肿的结构。这种剩余上皮的异常变化会导致局部组织出现囊性病变，也就是牙囊肿。
三、感染因素的影响
慢性炎症刺激： 口腔内如果存在慢性炎症，长期的炎症刺激可能会影响牙齿周围的组织，进而导致牙囊肿的形成。比如牙周组织的慢性炎症，炎症因子会刺激牙齿周围的上皮组织，使上皮组织发生异常增殖等变化，最终形成牙囊肿。感染引发上皮变化： 细菌等病原体的感染会引发局部组织的炎症反应，这种炎症反应会促使牙齿相关的上皮组织发生改变，上皮组织的异常改变就可能导致牙囊肿的出现。例如口腔内的细菌感染引起牙齿周围组织的炎症，进而影响到牙齿发育相关的上皮结构，导致牙囊肿形成。