判断幽门螺杆菌已消灭干净的方法有以下几种：
一、做胃镜：由于幽门螺杆菌是诱发诸多胃部疾病的元凶，所以做胃镜是较好的检查途径。做胃镜时可取出胃部组织检查幽门螺杆菌，且同时还能顺带检查胃部其他疾病。不过若仅是专门检查幽门螺杆菌，就不太适宜做胃镜，但若连同其他方面一起检查，则可选择胃镜方式。
1.胃镜可直接观察胃部情况，包括黏膜的状态、是否有病变等。
2.通过取出的组织进行精确检测，准确性较高。
二、呼吸检查法：这也是检查幽门螺杆菌的重要方法，尤其适合单独确认是否根治成功，在临床上应用广泛。此方法是让患者服用特定药物试剂，经一系列流程后呼气，通过检测呼吸中的成分来判断胃内是否还有幽门螺杆菌。
1.相对简单、便捷，患者容易接受。
2.能较为准确地反映幽门螺杆菌的根治情况。
三、粪便检查法：这是临床应用较多的方法之一。若人体内的幽门螺杆菌未根除，在粪便检查中可查出其抗原。通过检查粪便能确认体内幽门螺杆菌是否根除，成功率可达95%以上，在临床上也有较广泛的应用。
1.准确性较高，能提供可靠依据。
2.操作相对简便。
四、化验血：有时医院会开具化验血的检查单来针对幽门螺杆菌进行检查。但这种方法仅适用于检查是否感染过幽门螺杆菌，对于体内是否还存在及存在多少幽门螺杆菌则无法准确检查出来，所以该检查项目在判断是否根除幽门螺杆菌时只能作为参考。
总之，这些方法各有特点和适用情况，可根据具体需求选择合适的方法来判断幽门螺杆菌是否已被消灭干净。