吞咽困难的治疗需根据病因来定。如果是咽喉部炎症导致的吞咽困难，一般通过规范治疗炎症，短时间内可能改善。比如急性咽炎引起的吞咽困难，经过有效的抗炎治疗，多数在1 - 2周内可缓解。
因口咽部问题导致的吞咽困难
口腔疾病影响： 若因口腔溃疡导致吞咽困难，要保持口腔清洁，可用氯己定含漱液漱口，一般口腔溃疡7 - 10天会逐渐愈合，吞咽困难也会随之改善。咽部病变影响： 如扁桃体周围脓肿引起的吞咽困难，需要进行穿刺抽脓或切开引流等处理，经过积极治疗，脓肿消退后吞咽困难会缓解。
因食管疾病导致的吞咽困难
食管炎症引起： 反流性食管炎导致的吞咽困难，可使用质子泵抑制剂，像奥美拉唑等药物来抑制胃酸分泌，一般规范用药4 - 8周左右，炎症减轻后吞咽困难会有改善。食管狭窄导致： 如果是食管良性狭窄引起的吞咽困难，可能需要进行内镜下扩张治疗，根据狭窄程度不同，可能需要多次扩张来改善吞咽情况。
因神经系统疾病导致的吞咽困难
脑卒中引起： 脑卒中患者出现吞咽困难，可早期进行吞咽功能康复训练，康复训练需要持续数周甚至数月，部分患者经过规范的康复训练，吞咽功能会逐渐恢复。帕金森病引起： 帕金森病导致的吞咽困难，可在医生指导下使用改善帕金森病的药物，如多巴丝肼等，同时配合吞咽康复训练，症状可能会有所缓解，但往往需要长期坚持治疗和康复。