新生儿呕吐是多种原因导致的，其中喂养不当较为常见，比如喂奶过快、过多，喂奶后立即平卧等，约有20% - 30%的新生儿呕吐是因喂养不当引起。
一、消化系统自身因素
胃肠道发育异常： 有些新生儿存在先天性食管闭锁，这是一种较为严重的消化道畸形，发生率约为1/2500 - 1/3000。患儿出生后不久就会出现唾液增多、频繁呕吐，呕吐物可含有胆汁等情况。还有先天性幽门肥厚性狭窄，多在出生后2 - 4周出现呕吐，开始为溢奶，逐渐加重为喷射性呕吐，几乎每次喂奶后不久都会呕吐，呕吐物为奶液和奶凝块，不含胆汁。消化道感染： 新生儿胃肠道容易受到感染，如细菌、病毒感染等。如果是细菌感染引起的新生儿败血症，除了有呕吐症状外，还可能伴有体温不稳定、拒奶、精神萎靡等表现；轮状病毒感染引起的新生儿腹泻病，也常伴有呕吐，同时大便呈蛋花汤样。
二、其他系统疾病影响
感染性疾病： 新生儿肺炎也可能导致呕吐，比如吸入性肺炎，多发生在出生过程中，胎儿吸入羊水、胎粪等，出生后不久就会出现呼吸急促、口吐泡沫、呕吐等症状；颅内感染如脑膜炎，除了有发热、抽搐等表现外，也常伴有呕吐，且呕吐呈喷射性，同时可能伴有前囟饱满等颅内压增高的表现。代谢性疾病： 像先天性肾上腺皮质增生症，患儿会出现呕吐、腹泻、脱水、拒奶等症状，同时可能伴有皮肤色素沉着等表现；低血糖也可能引起新生儿呕吐，早产儿、低出生体重儿更容易发生低血糖，一般在出生后数小时至1周内出现反应差、喂养困难、嗜睡、惊厥、呕吐等症状。
三、神经调节因素
颅内压变化： 新生儿颅内出血会影响神经调节，导致呕吐。如果是产伤引起的颅内出血，多在出生后24小时内出现兴奋、烦躁不安、呕吐等症状；而由于缺氧引起的颅内出血，可能在出生后1 - 2天出现症状，也会伴有呕吐。另外，脑部发育异常导致的脑积水，也会因颅内压增高出现呕吐，同时可能有头围增大等表现。