月经后第三天进行性行为，怀孕的可能性较小，但不能完全排除怀孕的可能。以下是关于此问题的具体分析：
1.安全期：女性的排卵日期一般在下次月经来潮前的14天左右。排卵日的前5天和后4天，连同排卵日在内共10天称为排卵期。除了月经期和排卵期，其余的时间均为安全期。但安全期并非绝对安全，因为女性的排卵可能会受到情绪、环境等因素的影响而提前或推迟。
2.精子存活时间：精子在女性体内的存活时间为2-3天。因此，如果在月经后第三天进行性行为，精子可能会在女性体内存活到排卵期，从而增加怀孕的风险。
3.个体差异：每个人的月经周期和排卵时间都可能不同，而且有些女性可能存在排卵不规律的情况。因此，即使在安全期进行性行为，也不能完全排除怀孕的可能。
4.避孕措施：为了降低怀孕的风险，建议在性行为中采取有效的避孕措施，如使用避孕套、口服避孕药等。此外，还可以考虑使用其他避孕方法，如安全期避孕、体外射精等，但这些方法的可靠性相对较低。
需要注意的是，以上内容仅为一般情况的分析。如果您对怀孕的风险非常担心，或者您的月经周期不规律，建议咨询医生或妇科专家，以获取更准确的信息和建议。此外，如果您不打算怀孕，建议在性行为中始终采取避孕措施，以保护自己的身体健康。