甲状腺炎的并发症主要有以下三点：
一、会出现全身不适、乏力、疲劳、肌肉疼痛、压痛明显等常见危害，病后约一周接触，约半数患者会有甲状腺功能亢进症，其症状包括兴奋、怕热、心悸、颤抖、出汗等，这些是由于急性炎症导致甲状腺释放过量甲状腺素而引起。
二、可引发甲亢。甲亢症状可持续一到三个月，且与甲状腺组织的破坏程度相对应。
三、会引起甲减。甲状腺炎可致使甲状腺功能减退，具体而言，约25%的亚急性甲状腺炎患者、50%的患者会有甲状腺功能减退症状，如持续性的两到六个月里患者会出现声音变小、身体发冷、全身浮肿等现象，同时血T3、T4浓度下降，TSH上升。而且如果大多数甲状腺炎不能一次性彻底治愈，在复发性疾病过程中，容易诱发自身免疫性甲状腺炎的发生，并伴有甲状腺功能性减退症状。
总结概况提示：甲状腺炎的并发症包括出现全身不适等表现及引发甲亢、甲减等，还可能导致自身免疫性甲状腺炎和甲状腺功能性减退症状的出现，需引起重视。