宫颈上皮内瘤变三级做过锥切后仍呈阳性，可能是病变残留或复发，也可能是新的病变。以下是一些可能的原因和应对方法：
1.病变残留或复发：锥切可能没有完全切除病变组织，或者病变在锥切边缘或深部组织残留。这种情况下，需要再次进行锥切或子宫切除术，以确保病变得到彻底清除。
2.新的病变：在锥切后，宫颈可能会再次发生病变。这可能是由于HPV感染、持续的高危型HPV感染、免疫功能下降等原因引起的。需要进行进一步的检查，如HPV检测、宫颈细胞学检查等，以确定是否有新的病变。如果有新的病变，可能需要再次治疗或密切随访。
3.治疗不彻底：锥切治疗可能没有达到足够的深度或范围，导致病变残留。这种情况下，可能需要重新评估治疗方案，考虑更彻底的治疗方法，如子宫切除术。
4.免疫功能低下：免疫功能低下的患者，如接受免疫抑制剂治疗的患者，HPV感染和病变的复发风险可能会增加。需要评估免疫功能，并采取相应的措施来增强免疫功能。
5.持续感染HPV：HPV感染是宫颈上皮内瘤变的主要原因之一。如果锥切后仍持续感染HPV，病变可能会复发。可以考虑使用HPV疫苗进行预防，同时定期进行宫颈癌筛查。
6.其他因素：一些其他因素，如吸烟、多孕多产、长期口服避孕药等，也可能影响宫颈病变的治疗效果和复发风险。需要评估这些因素，并采取相应的措施来改善生活方式。
需要注意的是，每个患者的情况都是独特的，治疗方案应根据个体情况制定。在面对宫颈上皮内瘤变三级做过锥切后仍呈阳性的情况时，建议及时就医，与医生进行详细的讨论和沟通，了解具体的原因和治疗选择。医生会根据患者的年龄、生育需求、病变情况等因素，制定最适合的治疗方案。同时，患者也需要积极配合治疗，定期进行随访和检查，以确保病情得到有效控制。