甲状腺球蛋白偏低可能由多种原因引起。一般来说，自身免疫性甲状腺疾病是常见因素之一，比如自身免疫性甲状腺炎患者，体内的自身抗体可能会破坏甲状腺组织，影响甲状腺球蛋白的合成，进而导致其水平偏低。
自身免疫性甲状腺疾病相关
自身免疫性甲状腺炎： 像慢性淋巴细胞性甲状腺炎（桥本甲状腺炎），患者体内存在针对甲状腺的自身抗体，如甲状腺过氧化物酶抗体（TPOAb）和甲状腺球蛋白抗体（TgAb）等，这些抗体攻击甲状腺细胞，影响甲状腺球蛋白的正常合成与分泌，从而使甲状腺球蛋白水平降低。Graves病治疗后： 部分Graves病患者在接受抗甲状腺药物治疗或放射性碘治疗后，甲状腺功能逐渐恢复，但可能会出现甲状腺球蛋白偏低的情况，这与甲状腺组织受损、合成功能暂时受影响有关。
甲状腺切除术后情况
甲状腺全切术后： 当患者因甲状腺癌等疾病进行了甲状腺全切手术，甲状腺组织被全部切除，无法再合成甲状腺球蛋白，所以术后甲状腺球蛋白水平会显著降低，一般术后监测甲状腺球蛋白对于评估甲状腺癌复发等情况有重要意义。甲状腺次全切术后： 如果是甲状腺次全切除，剩余甲状腺组织合成甲状腺球蛋白的量可能减少，也可能出现甲状腺球蛋白偏低的现象，具体情况与剩余甲状腺组织的功能状态有关。
碘摄入异常影响
碘缺乏地区人群： 在严重碘缺乏的地区，人体合成甲状腺球蛋白所需的碘原料不足，会影响甲状腺球蛋白的合成，导致甲状腺球蛋白水平偏低。一般来说，碘的推荐摄入量对于成年人是每天150微克左右，碘缺乏地区人群可能无法达到这个摄入量标准。长期高碘摄入： 虽然相对少见，但长期高碘摄入也可能干扰甲状腺球蛋白的正常代谢，导致其水平异常降低。例如一些长期大量食用含碘丰富且不合理的食物或药物的人群。
其他罕见原因
遗传性甲状腺球蛋白合成缺陷： 这是一种比较罕见的情况，由于基因突变等原因导致甲状腺球蛋白的合成过程出现障碍，使得体内甲状腺球蛋白水平从出生就偏低，但这种情况在临床上相对少见，需要通过基因检测等手段来明确诊断。某些全身性疾病影响： 极少数情况下，一些全身性的严重疾病可能会影响甲状腺的功能，间接导致甲状腺球蛋白合成减少，不过这种情况相对比较复杂，需要结合患者整体的病情来综合判断。