HPV病毒目前尚无完全将其彻底消除的特效药物，但人体自身免疫系统有机会清除部分HPV病毒。一般来说，约80%的女性在感染HPV后的1~2年内可依靠自身免疫力清除病毒，不过这存在个体差异。
人体自身免疫的作用
免疫力强的人群：对于免疫力正常的人，比如经常运动、作息规律且营养均衡的年轻人，身体的免疫系统有较好的监视和清除能力，大约60% - 70%的HPV感染能在6 - 12个月内被自身免疫系统清除。免疫力弱的人群：而本身患有免疫性疾病，像艾滋病患者，或者长期熬夜、营养不良的人，清除HPV病毒的时间会延长，甚至部分人会持续感染HPV。
HPV感染后的监测
定期检查很重要：感染HPV后，需要定期进行宫颈细胞学检查（如TCT）以及HPV检测。一般建议18岁以上有性生活的女性，每3年进行一次TCT联合HPV检测。如果检查结果异常，可能需要进一步做阴道镜检查等，以便及时发现宫颈是否发生病变。特殊人群更要关注：对于30岁以上的女性，尤其是有高危型HPV持续感染的情况，更要密切监测。因为高危型HPV持续感染是引发宫颈癌的重要因素，一旦发现宫颈有病变迹象，能及时采取相应的治疗措施。
医学干预的情况
有病变时的处理：当HPV感染导致宫颈出现低度病变或高度病变时，医生会根据具体情况采取不同的治疗手段。如果是低度病变，部分可以继续观察，同时增强免疫力帮助清除病毒；如果是高度病变，可能会采用激光、冷冻等物理治疗方法，直接去除病变组织。针对持续高危感染：对于高危型HPV持续感染超过2年以上的情况，有的会使用一些生物制剂来辅助增强免疫力，帮助清除病毒，但目前并没有能百分百清除HPV的特效药物。