下肢静脉血栓常用的治疗药物有抗凝药物等，一般来说抗凝治疗是关键，其中华法林是常用的口服抗凝药，但需要定期监测国际标准化比值（INR），使其维持在2~3之间才能起到较好的抗凝效果，不过用药过程中需注意出血风险等。
抗凝药物类
普通肝素： 通过增强抗凝血酶Ⅲ的活性发挥抗凝作用，一般需静脉给药，起效快，但需要密切监测凝血功能，比如活化部分凝血活酶时间（APTT）等，以调整剂量。低分子肝素： 相较于普通肝素，皮下注射给药方便，生物利用度高，出血风险相对较低，通常不需要频繁监测凝血指标，但也需要注意注射部位的出血等情况。
新型口服抗凝药
利伐沙班： 是一种口服的Xa因子抑制剂，不需要常规监测凝血功能，服用相对方便，能有效预防和治疗下肢静脉血栓，不过也有出血的潜在风险，在用药前需要评估患者的出血风险等情况。阿哌沙班： 同样是新型口服抗凝药，作用机制也是抑制Xa因子，口服给药，疗效确切，出血风险相对可控，但也需要在医生指导下根据患者具体情况使用。
溶栓药物相关
尿激酶： 可激活纤溶酶原成为纤溶酶，溶解血栓，一般通过静脉给药，使用时需要严格掌握剂量和疗程，监测出血等不良反应，比如出血倾向、血红蛋白下降等情况。链激酶： 也能激活纤溶酶原，但可能会引起过敏反应等，使用前需要做过敏试验等，并且要密切观察患者用药后的反应，如有无过敏症状、出血情况等。不过现在链激酶的使用相对不如以前广泛，因为存在一些局限性和不良反应风险。