通常情况下，若患者出现小便疼痛且有脓流出的情况，往往考虑可能是淋菌性尿道炎所致。对此，患者可在医生指导下通过一些方法进行治疗。淋菌性尿道炎的治疗方式如下：
一、一般治疗：
1.建议患者适度休息，避免进食生冷、刺激性食物。
2.每日对尿路部位进行清洗，并保持其干燥状态。
3.治疗期间应尽可能避免性接触，以防交叉感染。
二、药物治疗：患者需在医生指导下用药，不可自行用药。常用药物包括四环素、阿奇霉素、左氧氟沙星、环丙沙星、甲硝唑等。
淋菌性尿道炎的病因包含以下方面：
一、致病菌：主要是淋球菌，其能侵入男性前尿道、女性尿道，并借助表面的菌毛黏附在尿道细胞表面。
二、诱发因素：不洁性生活、自身免疫力低下、外伤感染等都可能引发淋菌性尿道炎。
当出现小便疼痛且里面有脓流出来时，还可能存在其他原因，故而建议及时前往医院就诊，完善检查以明确病因，进而给予针对性的处理或治疗。
总结提示：文章阐述了小便疼痛且有脓流出可能是淋菌性尿道炎，介绍了其治疗方法包括一般治疗和药物治疗，还说明了病因，最后强调出现该情况还可能有其他原因，应及时就医明确。