脑干梗塞是一种较为严重的脑血管疾病，治疗方法主要包括一般治疗、药物治疗和康复治疗等。一般来说，发病后应尽快就医，争取在有效时间窗内进行治疗。
药物治疗方面
溶栓药物： 常用的有阿替普酶等，需要在发病 4.5 小时内使用，可溶解血栓，恢复脑部血液供应，但有一定出血风险等禁忌证需要严格把握。抗血小板聚集药物： 如阿司匹林等，能抑制血小板聚集，防止血栓进一步形成，降低复发风险。
一般治疗措施
维持生命体征： 密切监测患者的呼吸、血压、心率等生命体征，确保呼吸通畅，必要时给予吸氧等支持。如果患者呼吸不稳定，可能需要进行气管插管等操作来维持呼吸功能。控制基础疾病： 对于有高血压的患者，要积极控制血压，将血压控制在合理范围，一般可控制在 140/90mmHg 以下，但要避免降压过快过低；对于高血糖患者，要调整血糖水平，使血糖控制在合适范围，比如空腹血糖控制在 7mmol/L 左右等。
康复治疗阶段
早期康复干预： 在病情稳定后，尽早开始康复治疗。包括肢体的被动运动，由医护人员或家属帮助患者活动瘫痪的肢体，每天可进行数次，每次 10 - 15 分钟左右，防止肌肉萎缩和关节僵硬。语言康复训练： 如果患者存在语言障碍，要进行语言康复训练，如从简单的发音练习开始，逐步过渡到语句表达等，训练时间根据患者情况而定，一般每天可进行 2 - 3 次，每次 20 分钟左右。
手术治疗情况
血管内介入治疗： 对于符合条件的患者，可考虑血管内介入治疗，如动脉取栓等。一般在发病 6 小时内的大血管闭塞患者可能适合进行该治疗，通过导管等器械将血栓取出，恢复血管通畅，但也存在一定的手术风险和并发症可能。