根据你的描述，出现这种情况可能与以下几种原因有关：
1.真菌感染：如果指甲受到真菌感染，可能会导致指甲变形、增厚、变色，表面也会变得凹凸不平。这种情况通常还会伴有指甲瘙痒、疼痛等症状。
2.营养不良：指甲的健康也与身体的营养状况有关。如果身体缺乏某些营养素，如蛋白质、维生素、铁等，可能会导致指甲出现问题。
3.疾病：某些疾病也可能导致指甲变形、凹凸不平，如银屑病、扁平苔藓、甲癣等。
4.外伤：指甲受到外伤，如挤压、碰撞等，也可能导致指甲变形、凹凸不平。
如果发现大拇指指甲盖变形、表面凹凸不平，建议及时就医，进行相关检查，以确定具体原因。如果是真菌感染，可以使用抗真菌药物进行治疗；如果是营养不良，需要调整饮食，摄入足够的营养素；如果是疾病导致，需要针对病因进行治疗。此外，平时要注意保持指甲的清洁卫生，避免长时间泡水，避免指甲受到外伤。