肛门囊肿在医学上的正确名称为肛周脓肿。肛周脓肿属于细菌感染性疾病，主要由大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、溶血性链球菌等致病菌引起。
一、早期且表浅的肛周脓肿治疗：
1.可使用消炎药，如甲硝唑，其对大多数厌氧菌具有强大抗菌作用；硫酸依替米星，对大肠埃希菌等有较好抗菌活性；卡那霉素，能有效抑制多种细菌；链霉素，对结核杆菌等有抗菌效果。
2.也可口服头孢类抗生素，如头孢克肟，对部分革兰氏阳性菌和阴性菌有抗菌活性；头孢呋辛，可用于多种细菌感染；头孢哌酮，有较广的抗菌谱。
3.还可使用左氧氟沙星、环丙沙星等广谱类消炎药，对多种细菌有抑制或杀灭作用。
4.中药治疗方面，外用金黄膏能清热解毒、消肿止痛；玉露膏可清热除湿、消肿止痛；活血止痛散能活血散瘀、消肿止痛。同时可用温盐水或1：5000高锰酸钾溶液坐浴。
二、脓肿形成且范围较大的治疗：
1.单纯使用消炎药效果不佳，可采用手术治疗，如抽脓减压或切开排脓，一般是从脓腔中间部位切开小口排脓。
2.术后积极用甲硝唑冲洗脓腔，并放置油纱条引流，且要积极换药。
总之，肛周脓肿应根据具体病情选择合适的治疗方法，早期可尝试药物治疗，若脓肿已形成且范围较大则手术治疗更为适宜，术后还需进行相应的处理以促进恢复。