高烧不退反复发作可能由多种原因引起。比如感染性因素中，细菌感染如肺炎链球菌等引起的肺炎，可能导致持续高烧反复；病毒感染里，流感病毒引发的流感，也常出现高烧不退且反复发作的情况，有的患者发烧会持续3~5天甚至更久。
感染性因素导致
细菌感染： 像肺炎克雷伯菌引起的肺部感染，除了高烧反复，还可能伴有咳嗽、咳痰等症状。例如一些重症肺炎患者，体温可能在39℃以上，且经过常规退热治疗后不久又会回升。病毒感染： 以EB病毒引起的传染性单核细胞增多症为例，患者会出现持续高热，体温可达39℃左右，还伴有咽痛、淋巴结肿大等表现，发热时间可能会持续1~2周。
非感染性因素导致
自身免疫性疾病： 系统性红斑狼疮是常见的自身免疫性疾病，患者会有间断性的高烧反复发作，同时可能出现面部红斑、关节疼痛等症状。这种疾病好发于育龄女性，发病机制与自身免疫系统紊乱攻击自身组织有关。恶性肿瘤： 白血病患者常出现发热症状，多为低热或中度发热，但也有部分患者会出现高烧反复的情况。白血病是造血系统的恶性肿瘤，由于骨髓中异常白细胞大量增殖，影响正常免疫功能，从而导致发热反复。
其他可能情况
环境因素： 如果长时间处于高温环境中，人体散热困难也可能引起体温短暂波动，但一般不会出现高烧不退反复很久的情况。不过在一些特殊环境下，比如中暑严重时，也可能出现高热反复的现象。药物热： 服用某些药物后也可能引发药物热，比如抗生素类药物，使用后可能会出现发烧反复的情况，一般在停药后体温会逐渐恢复正常，但如果不及时停药，发烧会持续。