扁桃体结石的治疗方法需根据结石大小、症状轻重等来选择，一般较小的结石可通过日常口腔清洁等方式处理，较大或症状明显的可能需要医疗干预。
日常自我护理法
保持口腔清洁： 每天至少刷牙2次，使用含抗菌成分的漱口水，能帮助减少口腔内细菌滋生，降低扁桃体结石形成的概率。比如每天早晚认真刷牙，饭后用漱口水漱口，每次漱口时间保持30秒左右。使用棉签清理： 对于比较小且位置较浅的结石，可在镜子辅助下，用干净的棉签轻轻将其剔除，但要注意动作轻柔，避免损伤扁桃体组织。不过这种方法仅适用于能看到且容易触及的小结石。
医疗专业处理法
扁桃体隐窝冲洗： 医生会用生理盐水等对扁桃体隐窝进行冲洗，利用水流的冲击力将结石冲出。一般一次冲洗可能就能将部分结石清除，但如果结石较多可能需要多次冲洗。手术治疗： 当扁桃体结石频繁发作、体积较大且引起严重不适，如反复咽痛、吞咽困难等情况时，可能需要考虑扁桃体切除术。不过手术是有创伤的操作，需要谨慎评估，一般只有在药物等保守治疗无效时才会考虑，手术时间通常在30 - 60分钟左右。
药物辅助治疗法
抗生素使用： 如果扁桃体结石伴随有扁桃体炎发作，出现红肿、疼痛等感染症状时，可能会使用抗生素来控制感染。常用的抗生素如青霉素类（不过要先确认患者无青霉素过敏史），抗生素能抑制细菌生长，减轻炎症反应，一般需要连续使用3 - 5天左右来控制感染情况，但抗生素的使用需由医生根据病情判断开具。含服消炎含片： 可以使用一些具有消炎作用的含片，如碘喉片等，含服后能在局部起到一定的消炎、减轻不适的作用，缓解因扁桃体结石引起的咽部异物感等症状，每天可按说明书规定次数含服。