治疗结肠炎并没有绝对最好的用药，需根据具体类型和病情等选择。一般来说，常用药物有氨基水杨酸制剂等。比如轻中度溃疡性结肠炎常用柳氮磺吡啶，它能在肠道分解为磺胺吡啶和5-氨基水杨酸，5-氨基水杨酸可抑制炎症介质。
氨基水杨酸制剂类
柳氮磺吡啶： 适用于轻中度溃疡性结肠炎，它在肠道内分解出的5-氨基水杨酸能发挥抗炎作用，抑制结肠黏膜的前列腺素合成和白三烯释放，从而减轻炎症反应。美沙拉嗪： 也是氨基水杨酸制剂，有多种剂型，如缓释片、灌肠剂等。美沙拉嗪可以直接作用于结肠炎症黏膜，局部发挥抗炎效果，对于直肠、乙状结肠的结肠炎使用灌肠剂效果较好。
糖皮质激素
泼尼松： 对于氨基水杨酸制剂疗效不佳的中重度活动性结肠炎患者可使用。泼尼松属于全身用糖皮质激素，能快速减轻炎症反应，但长期使用可能会有较多副作用，如骨质疏松、感染风险增加等。氢化可的松琥珀酸钠： 对于重度结肠炎患者，可通过静脉给药，能迅速控制炎症，缓解病情，但使用时需密切监测副作用，如血压升高、血糖波动等。
免疫抑制剂
硫唑嘌呤： 适用于对糖皮质激素治疗效果不佳或依赖的慢性结肠炎患者。硫唑嘌呤可以抑制免疫系统的活性，减少免疫细胞对肠道黏膜的攻击，但起效相对较慢，一般需要数周甚至数月才能看到效果，而且使用过程中要定期监测血常规、肝功能等指标。巯嘌呤： 作用机制与硫唑嘌呤类似，也可用于结肠炎的治疗，尤其适用于对其他药物治疗反应不佳的患者，同样需要注意药物的副作用，如骨髓抑制等。