先兆流产的原因较多，其中染色体异常是常见因素，约50%~60%的早期自然流产是由于胚胎染色体异常引起。
胚胎因素：
染色体数目异常： 这是最主要的胚胎方面原因。比如常见的三体综合征，像13 - 三体、18 - 三体、21 - 三体等，都会增加先兆流产的发生风险。染色体结构异常： 如染色体易位、缺失等情况，也会影响胚胎的正常发育，从而引发先兆流产。
母体因素：
全身性疾病： 孕妇如果患有严重感染性疾病，像高热可使子宫收缩导致流产；患有严重贫血或心力衰竭等，会影响胎盘供血供氧，进而引发先兆流产。例如，孕妇患严重肺炎持续高热时，就可能增加先兆流产几率。内分泌异常： 黄体功能不全是比较常见的内分泌问题，黄体分泌的孕酮不足，不能维持妊娠的正常进行，约占先兆流产病因的10%~20%。甲状腺功能减退、糖尿病血糖控制不佳等，也会对妊娠产生不利影响，增加先兆流产风险。免疫功能异常： 自身免疫性疾病患者，体内存在抗磷脂抗体等自身抗体，会攻击胎盘组织，影响胎盘的正常功能，导致先兆流产。另外，同种免疫异常，比如孕妇对胎儿抗原的免疫耐受不足等，也可能引发先兆流产。
父亲因素：
精子染色体异常： 男性精子染色体如果发生异常，比如精子染色体数目或结构异常，那么受精卵的染色体也可能出现异常，从而增加胚胎发育异常、先兆流产的可能性。
环境因素：
过多接触有害化学物质： 孕妇长时间接触如甲醛、苯、铅等有害化学物质，这些物质可能会干扰胚胎的正常发育，增加先兆流产的发生风险。例如，在甲醛超标的工作环境中工作的孕妇，先兆流产的发生率可能会升高。过多接触放射性物质： 孕妇接触过高剂量的辐射，像长期处于放射工作环境中而没有做好防护，辐射可能会损伤胚胎细胞，影响胚胎发育，导致先兆流产。