新生儿血管瘤的发生目前认为可能与多种因素相关。一般认为新生儿血管瘤的发生机制可能与血管生成因子失衡等有关，目前研究发现约10% - 30%的新生儿可能会出现血管瘤。
胚胎发育因素
血管形成早期异常： 在胚胎发育的早期阶段，血管形成过程出现异常可能是导致新生儿血管瘤的原因之一。在胚胎发育的第3 - 8周，血管网络开始形成，若这一过程中出现基因突变或调控异常，就可能影响血管的正常发育，进而为血管瘤的形成埋下隐患。例如某些基因的突变可能干扰了血管内皮细胞的正常增殖和分化，使得血管异常增殖形成血管瘤。母体激素影响： 有研究发现母体体内的激素水平变化可能对新生儿血管瘤的发生有影响。母亲在孕期的雌激素、孕激素等激素水平波动可能通过胎盘传递给胎儿，影响胎儿血管的生长和发育。比如孕期母亲雌激素水平异常升高，可能会刺激胎儿血管内皮细胞过度增殖，增加新生儿患血管瘤的风险。
血管内皮细胞异常增殖
内皮细胞增殖调控失衡： 正常情况下，血管内皮细胞的增殖受到严格的调控，包括正性调控因子和负性调控因子的平衡。在新生儿血管瘤患者体内，这种调控平衡被打破。例如血管内皮生长因子（VEGF）等正性调控因子过度表达，而一些抑制血管内皮细胞增殖的因子表达不足，导致血管内皮细胞异常增殖。VEGF能够促进血管内皮细胞的分裂、迁移等，当它的表达失去控制时，就会促使血管内皮细胞不断增殖，逐渐形成血管瘤样的病变。细胞外基质异常： 细胞外基质对血管内皮细胞的生长和分化也起着重要作用。新生儿血管瘤患者体内细胞外基质的成分和结构可能发生改变，影响了血管内皮细胞的正常行为。比如细胞外基质中的某些成分异常沉积，可能为血管内皮细胞的增殖提供了有利的微环境，使得血管内皮细胞更容易增殖和聚集，进而形成血管瘤。
遗传因素相关
家族遗传倾向： 部分新生儿血管瘤的发生可能与遗传因素有关。有家族史的新生儿患血管瘤的概率相对较高。研究发现某些特定的遗传基因位点与血管瘤的发生相关联。如果家族中有亲属曾患有血管瘤，那么新生儿发生血管瘤的风险可能会增加。例如某些常染色体显性遗传的基因变异可能传递给下一代，使得下一代更容易出现血管内皮细胞的异常增殖，从而引发血管瘤。基因多态性影响： 基因多态性也可能在新生儿血管瘤的发生中起到作用。不同个体之间基因存在差异，一些基因的多态性可能影响了血管生成相关通路的功能。例如某些基因的多态性可能导致个体对血管生成调控因素的敏感性不同，从而影响血管瘤的发生概率。具有特定基因多态性的新生儿，在受到外界因素刺激时，更易出现血管内皮细胞的异常增殖，进而形成血管瘤。