卵巢巧克力囊肿的主要症状包括痛经、月经异常、继发性不孕，还可能出现肺部、腹部、会阴的转移及相应症状。
一、痛经：这是最为显著的症状。卵巢巧克力囊肿属于子宫内膜异位囊肿，其痛经通常呈进行性加重。值得注意的是，痛经的严重程度与囊肿大小并无直接关联。当囊肿较小时，痛经可能就较为明显；而当囊肿较大时，则会表现为盆腔包块，在严重情况下还可能发生破裂。
二、月经异常：会有经量增多、经期延长或者月经淋漓不尽的情况，这可能与卵巢的病变相关。
三、当出现表面出血或囊壁破损时，会导致卵巢、输卵管周围形成广泛粘连，引发深部性交痛，并且会使输卵管拾卵和运输受精卵的功能受到损害，从而导致继发性不孕。
四、异位的子宫内膜还可能向肺部、腹壁等部位转移，进而表现出咳血、腹痛等症状。
总之，卵巢巧克力囊肿需要及时就医并进行妥善处理，以避免引发不良后果。