三个月胎停的原因有：胚胎染色体异常、异常子宫结构、孕妇并发症等。
一、胚胎染色体异常：这是引发妊娠早期胎停的一个常见原因。如果女性的卵子或男性的精子携带基因遗传和染色体方面的异常，即便精子与卵子成功结合发育成为受精卵，胚胎也往往无法正常发育，进而导致三个月胎停的情况发生。
二、异常子宫结构：当母亲的子宫结构出现异常，比如未成熟子宫、子宫纵隔、双子宫等，就可能致使胚胎发育不良，最终导致胎停。
三、孕妇并发症：孕妇若患有严重的糖尿病、高血压和甲状腺疾病等，可能因血糖控制不理想、血压过高或甲状腺激素水平异常而引发严重并发症，从而造成胎停。
此外，还有可能是宫腔环境欠佳、内分泌失调等因素导致的。建议及时就医，明确病因后进行规范的诊治。
总之，三个月胎停的原因较为复杂，需要仔细排查和明确，以便采取针对性的措施。