肠上皮化生的治疗需根据具体情况来定，一般来说要针对病因进行处理，同时定期监测。比如幽门螺杆菌感染引起的肠上皮化生，治疗幽门螺杆菌是关键。
病因相关治疗
幽门螺杆菌感染导致的肠上皮化生： 如果检查发现有幽门螺杆菌感染，通常会采用联合用药来根除幽门螺杆菌。常用的方案是质子泵抑制剂（如奥美拉唑等）+铋剂（如枸橼酸铋钾）+两种抗生素（如阿莫西林、克拉霉素等），通过这样的联合治疗来清除幽门螺杆菌，从而可能延缓肠上皮化生的进展。胆汁反流引起的肠上皮化生： 对于胆汁反流导致的肠上皮化生，可使用一些药物来促进胃排空，减少胆汁反流。比如多潘立酮，它能增强胃蠕动，促进胃排空，减少胆汁在胃内的停留时间，减轻胆汁对胃黏膜的刺激。
生活方式调整
饮食方面： 要避免食用辛辣、油腻、刺激性食物，像辣椒、油炸食品等。同时要规律饮食，定时定量进餐，避免过饱或过饥。多吃一些新鲜的蔬菜和水果，保证摄入足够的维生素等营养物质。例如每天可以保证500克左右的蔬菜摄入，其中绿叶蔬菜占一半以上。作息方面： 要保持良好的作息习惯，保证充足的睡眠，一般成年人每天建议7 - 8小时的睡眠时间。避免熬夜，因为长期熬夜会影响身体的正常代谢和胃黏膜的修复。
定期监测
内镜检查： 一般建议患有肠上皮化生的患者定期进行胃镜检查，通常间隔1 - 2年左右。通过胃镜检查可以直接观察胃黏膜的情况，了解肠上皮化生是否有进展等变化。如果发现有异常的病变，还可以同时进行活检，进一步明确病变性质。血清学检查： 可以定期进行一些血清学相关检查，比如检测胃蛋白酶原等指标，通过这些指标的变化来辅助评估胃黏膜的状态以及肠上皮化生的情况。