治疗结肠炎的药物有多种，常见的氨基水杨酸制剂中，柳氮磺吡啶是常用药物之一，一般需要连续服用数周甚至数月来控制症状。
氨基水杨酸制剂
柳氮磺吡啶： 可作用于肠道局部，抑制炎症反应。但部分患者可能会出现恶心、呕吐等胃肠道不适症状。美沙拉嗪： 也是常见的氨基水杨酸类药物，有口服剂型和灌肠剂型。口服美沙拉嗪相对胃肠道刺激较小；灌肠用美沙拉嗪能直接作用于结肠病变部位，起效较快，但可能会有局部刺激感。
糖皮质激素
泼尼松： 对于中重度结肠炎患者，在氨基水杨酸制剂疗效不佳时可使用。长期使用可能会引起向心性肥胖、骨质疏松等不良反应，一般连续使用不宜超过数周。氢化可的松： 可用于病情较重的急性发作期，通常采用静脉给药的方式，起效迅速，但长期使用同样会带来如感染风险增加、血糖升高等多种副作用。
免疫抑制剂
硫唑嘌呤： 适用于对糖皮质激素治疗效果不佳或依赖的患者，需要较长时间服用，一般需数月才能看到疗效。用药期间要密切监测血常规，因为可能会出现白细胞减少等骨髓抑制的情况。巯嘌呤： 与硫唑嘌呤作用机制相似，也用于结肠炎的维持治疗，同样存在可能导致血液系统异常等不良反应，用药过程中需定期复查相关指标。
生物制剂
英夫利昔单抗： 对于重度难治性结肠炎有较好的疗效，但价格相对较高，而且使用过程中需要注意监测是否出现输液反应以及感染等问题，一般需要在医院由专业人员进行输注。