发生胚胎停育后进行药物流产能否流干净是不确定的，需依据胎囊大小以及停育时间来综合判断。
一、能流干净的情况。
1.如果胎囊较小，根据其大小判断孕周在7周之内，且刚发生停育不久，胚胎组织未与子宫内膜粘连，此时采用药物流产的方式，多数情况下是能够流干净的。药物流产主要是通过药物作用使子宫收缩，促使胚胎组织排出体外。对于这种情况，流干净的几率相对较高。
二、不能流干净的情况。
1.若胎囊较大，超过怀孕7周，药物流产则容易出现大量出血以及流产不全的现象。因为较大的胎囊可能无法完全通过药物作用顺利排出，会有残留的风险。
2.如果停育时间较长，胚胎组织可能已经萎缩并且粘连在子宫内膜上，这样也很难通过药物流产流干净。这种情况下，胚胎与子宫内膜的紧密粘连会增加流产不完全的可能性。
总之，胚胎停育后选择药物流产，其效果存在不确定性，要综合多方面因素来考虑，且在流产过程中需密切观察，如有异常应及时处理。