噬血细胞综合征的发生通常与多种因素相关。它可分为原发性和继发性两类。原发性噬血细胞综合征多与遗传因素有关，比如某些特定基因发生突变等，这类情况往往在婴幼儿时期可能就会出现相关症状。
原发性噬血细胞综合征原因
遗传基因突变： 原发性噬血细胞综合征有相当一部分是由于基因发生了异常突变导致的。例如某些编码免疫相关蛋白的基因出现突变，使得免疫系统的正常调控出现紊乱，进而引发噬血细胞综合征。一般这种遗传因素导致的情况在家族中有一定的遗传倾向，若家族中有相关病史，后代患病风险可能会增加。
继发性噬血细胞综合征原因
感染相关因素
病毒感染： 多种病毒感染都可能引发继发性噬血细胞综合征，像EB病毒感染就是比较常见的诱因之一。当人体感染EB病毒后，病毒会影响免疫系统的功能，导致免疫细胞过度活化，进而出现噬血细胞综合征的表现。另外，巨细胞病毒感染也可能导致这种情况，在一些免疫力低下的人群中，如艾滋病患者等，感染巨细胞病毒后发生噬血细胞综合征的风险相对较高。
恶性肿瘤相关因素
血液系统恶性肿瘤： 一些血液系统的恶性肿瘤，比如白血病等，在疾病发展过程中可能会引发噬血细胞综合征。癌细胞会影响机体的免疫平衡，促使免疫细胞异常活化，从而出现噬血细胞增多等噬血细胞综合征的表现。例如急性淋巴细胞白血病患者，在疾病进展过程中部分可能会合并噬血细胞综合征。
自身免疫性疾病相关因素
自身免疫性疾病活动： 某些自身免疫性疾病在病情活动期时，也可能诱发噬血细胞综合征。比如系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病，当疾病处于较为活跃的状态时，免疫系统的异常反应可能会导致噬血细胞综合征的发生。患者体内自身抗体产生过多，免疫系统调节失衡，进而出现噬血细胞过度活化和增殖的情况。