女性尿道感染通常由多种因素引起，其中细菌感染是主要原因之一，大约80%的女性尿道感染是由大肠埃希菌等肠道细菌逆行感染尿道所致。
解剖生理因素
女性尿道结构特点：女性尿道较短，一般只有3~5厘米，而且宽、直、短，距离肛门较近，这使得细菌更容易从肛门附近侵入尿道。例如，肛门周围的大肠埃希菌等细菌很容易沿着尿道外口向上蔓延引发感染。生理周期影响：在月经期间，女性会阴部的局部环境发生变化，经血是细菌良好的培养基，加上卫生巾等用品使会阴部处于潮湿环境，增加了细菌滋生和感染尿道的风险。比如，有研究发现，月经期间女性尿道感染的发生率相对非月经期间会有所升高。
个人卫生因素
会阴部清洁不当：如果不注意会阴部的清洁，尤其是排便后擦拭方向不正确，从肛门向尿道方向擦拭，会将肛门周围的细菌带到尿道外口，从而引发感染。例如，错误的擦拭方式可能在一次排便后就使尿道感染的风险明显增加。性生活相关因素：性生活时，会阴部的摩擦和挤压可能会将细菌挤入尿道，尤其是女性在性生活后，细菌更容易逆行进入尿道引发感染。有统计表明，约30%的女性尿道感染与性生活有关，而且频繁的性生活会进一步增加感染的几率。
机体免疫力因素
免疫力低下人群：当女性机体免疫力低下时，比如患有糖尿病等基础疾病时，身体抵御细菌感染的能力下降，更容易发生尿道感染。糖尿病患者由于血糖较高，尿液中含糖量增加，为细菌生长提供了有利条件，使得尿道感染的发生率比正常人高很多。长期使用免疫抑制剂人群：长期使用糖皮质激素等免疫抑制剂的女性，身体的免疫功能受到抑制，对细菌的防御能力减弱，也容易受到尿道细菌的侵袭而发生感染。