尖锐湿疣的治疗难易程度与治疗目的相关。若以实现临床治愈，也就是去除疣体、缓解症状为主要目标，相对较为容易治疗；但若以彻底治愈，即清除HPV病毒、根治尖锐湿疣为目的，则存在较大难度。
一、临床治愈：
1.若仅将消除疣体和症状当作治疗目的，通常治疗难度不大。临床上存在多种治疗手段，可依据医嘱联合应用以提升疗效。对于尖锐湿疣，可利用物理方法去除疣体，如激光、微波、电灼烧、光动力疗法等。
2.也能采用局部药物治疗，包括咪喹莫特乳膏、重组人干扰素α2b凝胶、酞丁安搽剂等。
3.对于体积较大的疣体，还可通过外科手术等方式进行去除。在疣体去除后，若6-9个月未复发，则可视为临床治愈。
二、彻底治愈：
1.若期望彻底清除HPV病毒以达到根治尖锐湿疣的目标，往往比较困难。
2.当前并没有针对HPV病毒的特效药物，治疗药物多以局部用药为主，也可通过系统用药与外用药物联合治疗，但这也只是能使病毒载量低于参考下限，而非彻底消除。
3.当人体免疫力下降时，病毒有可能会再次增殖从而导致复发。
总之，尖锐湿疣的治疗效果取决于治疗目的，临床治愈相对容易实现，而彻底治愈则面临较大挑战。