胎儿酒精综合症主要是因为孕妇在怀孕期间饮酒造成的。孕妇饮酒后，酒精会通过胎盘进入胎儿体内，影响胎儿的正常发育。据研究，孕妇每天只要摄入相当于1标准杯（约14克纯酒精）的酒精，就可能增加胎儿患胎儿酒精综合症的风险。
酒精摄入的关键因素
饮酒量的影响： 孕妇饮酒量越多，胎儿接触酒精的量就越大，胎儿发育受到的不良影响也就越严重。比如，每天饮酒超过3杯（每杯约14克酒精），胎儿出现胎儿酒精综合症相关症状的概率会显著升高。饮酒频率的作用： 即使每次饮酒量不多，但如果频繁饮酒，也会对胎儿造成不良影响。长期持续的酒精摄入会持续干扰胎儿的正常生长发育过程，增加胎儿酒精综合症的发生几率。
胎儿发育阶段的敏感性
妊娠早期： 怀孕的前3个月是胎儿器官形成的关键时期，这个阶段孕妇饮酒对胎儿的危害极大。此时胎儿的神经系统、心脏等重要器官正在快速发育，酒精会严重干扰这些器官的正常形成，容易导致胎儿出现面部畸形、心脏缺陷等胎儿酒精综合症的典型症状。妊娠中晚期： 在妊娠中晚期，虽然胎儿的器官基本形成，但此时胎儿的大脑等组织仍在持续发育，饮酒仍然会影响胎儿的大脑发育，可能导致胎儿出现智力发育迟缓、行为异常等问题。
个体差异的影响
孕妇自身代谢差异： 不同孕妇的身体代谢酒精的能力不同。有些孕妇代谢酒精较慢，酒精在体内停留时间更长，胎儿接触酒精的时间也就更长，更易引发胎儿酒精综合症。例如，有研究发现，部分代谢酶活性较低的孕妇，即使饮酒量不多，胎儿出现胎儿酒精综合症相关表现的风险也高于代谢酶活性正常的孕妇。胎儿基因易感性： 胎儿的基因也会影响其对酒精的易感性。有些胎儿的基因使得他们在接触酒精时更易受到损伤，即使孕妇饮酒量不大，也可能患上胎儿酒精综合症。目前已经发现一些特定基因变异与胎儿对酒精的敏感性增加有关。