早上起来会头痛可能由以下原因导致：
一、腔隙性脑梗塞：由于夜间血流相对减慢，腔隙性脑梗塞患者在睡眠时易引起血小板聚集，进而造成血管阻塞。这类患者常在早晨起床或处于安静状态如休息时，出现头痛、头晕等症状。腔隙性脑梗塞是一种脑部小血管病变，虽然梗塞灶较小，但仍可能对脑部功能产生影响。
二、睡姿不当：不当的睡姿可能对人体正常呼吸状态产生干扰，导致大脑缺氧，从而引发头痛。比如长时间趴着睡或颈部过度扭曲等姿势，都可能影响呼吸和脑部供氧。
三、睡眠不足：睡眠不足容易让大脑产生疲劳感，对脑神经功能有一定影响，使人在早晨起床时产生头疼不适。当人体缺乏足够的睡眠时，大脑无法得到充分休息和恢复，可能出现功能紊乱。
四、神经性头痛：主要由精神紧张、生活作息不规律等因素致使头皮肌肉收缩而引起，表现为焦虑、头部钝痛等。神经性头痛患者在早晨起床时也常出现脑部疼痛情况。
若晨起脑部疼痛的症状长时间得不到有效缓解，患者应尽快前往医院检查明确病因，并在医生指导下采取相应治疗方法来改善病症。总之，对于晨起头痛的情况要予以重视，及时查找原因并进行妥善处理。