运动神经元病的病因目前尚未完全明确，可能涉及多种因素。目前认为遗传因素可能是一个重要方面，约5%-10%的运动神经元病患者有家族遗传倾向，存在特定基因的突变，比如超氧化物歧化酶1（SOD1）基因等的突变可能增加患病风险。
遗传因素相关
家族遗传型：有研究发现，某些特定的基因变异会使家族中多人易患运动神经元病。例如SOD1基因的突变，携带这种突变基因的家族成员，患病概率比普通人要高一些，但具体的遗传模式还在进一步研究中。基因与发病：一些基因的异常会影响神经细胞的正常功能，导致运动神经元逐渐受损。不过不同的基因变异所引发的具体发病机制略有不同，有的可能影响神经细胞的抗氧化能力等。
环境因素影响
重金属接触：长期接触某些重金属，如铅等，可能会增加患运动神经元病的风险。有研究发现，在一些长期处于铅污染环境工作的人群中，运动神经元病的发病率相对有所升高。化学物质暴露：长期暴露于某些化学物质，像有机溶剂等，也可能对运动神经元产生不良影响。不过具体的作用机制还需要更多研究来明确，目前只是发现存在这样的关联。
氧化应激与兴奋性毒性
氧化应激方面：人体正常代谢会产生自由基，当氧化应激失衡时，过多的自由基会损伤神经细胞。运动神经元病患者体内可能存在抗氧化酶活性降低等情况，使得神经细胞更容易受到自由基的损伤，进而影响运动神经元的功能。兴奋性毒性：谷氨酸是一种兴奋性神经递质，在兴奋性毒性机制中，过多的谷氨酸会过度刺激神经细胞，导致神经细胞受损。运动神经元病患者可能存在谷氨酸转运体功能异常等情况，使得谷氨酸在神经细胞外积累，引发兴奋性毒性，损伤运动神经元。