多囊肝（又称多发性肝囊肿）和多囊肾均是由基因突变引发的遗传性疾病，当下并无特效治疗药物，仅能借助药物治疗、手术治疗以及其他治疗方式来把控囊肿生长以及病情的恶化。
一、多囊肝的控制方式
1.药物治疗
(1)生长抑素受体拮抗剂（奥曲肽）：能够减小肝脏体积，改善患者的相关症状。
(2)托伐普坦等药物：可以减缓囊肿的生长速度，对囊肿生成起到抑制作用。
(3)雌激素受体拮抗剂（氟维司群）：能够抑制雌激素对囊肿生长的影响。
2.手术治疗
(1)经皮囊肿抽吸和硬化疗法：尽可能地抽出囊肿内容物，利用硬化剂抑制液体的生成，避免囊肿增大，这样能使囊肿缩小，改善症状。
(2)腹腔镜囊肿开孔术：通过手术方式抽吸囊液，并用超声刀摘除囊肿。
(3)节段性肝切除。
(4)肝移植。
二、多囊肾的控制方式
1.药物治疗：对症使用药物，控制相应症状，如
(1)延缓肾功能恶化类药：西罗莫司等。
(2)降压药：氨氯地平等。
(3)降脂药：阿托伐他汀等。
(4)降尿酸药：非布司他。
(5)纠正酸碱失衡药：碳酸氢钠等。
(6)止血药：注射用血凝酶等。
(7)抗感染药。
(8)降蛋白药。
(9)止疼药等。
2.手术治疗
(1)肾切除术：可延缓相关症状。
(2)肾移植。
(3)脑血管介入治疗或颅动脉瘤切除术：用于防止动脉瘤破裂出血。
三、其他治疗：包括腹膜透析及血液透析等。
总之，多囊肝和多囊肾无法被治愈，只能通过药物及手术等治疗来延缓症状，控制病情进展。