杵状指可能由多种原因引起，其中心血管疾病较为常见，约80%的发绀型先天性心脏病患者会在患病2~3个月后出现杵状指，像法洛四联症、完全性肺静脉畸形引流等。
一、心血管系统疾病相关
先天性心脏病： 除了法洛四联症，像大动脉转位等先天性心脏病也可能引发杵状指，这类疾病会导致人体长期缺氧，进而影响手指末端的血液循环和组织代谢，逐渐出现杵状指表现。感染性心内膜炎： 当心脏内膜受到细菌等病原体感染时，也可能伴随杵状指出现，这是因为感染引发炎症反应，影响了机体的氧供等情况，从而导致手指末端改变。
二、呼吸系统疾病相关
肺部肿瘤： 一些肺部恶性肿瘤患者可能会出现杵状指，例如支气管肺癌等，肿瘤组织会影响肺部的正常功能，造成机体慢性缺氧，使得手指末端软组织增生、肥厚，形成杵状指。支气管扩张： 患有支气管扩张的患者，由于长期的慢性炎症和反复感染，会影响肺部的通气和换气功能，导致缺氧，进而出现杵状指，病程较长的患者更易出现这种表现。
三、其他系统疾病相关
消化系统疾病： 像克罗恩病、溃疡性结肠炎等炎症性肠病，以及肝硬化等肝脏疾病也可能伴有杵状指。例如肝硬化患者，肝脏功能受损会影响身体的代谢等多种功能，导致机体出现缺氧等情况，逐步引发杵状指。营养障碍性疾病： 严重的营养吸收不良等营养障碍性疾病，会使身体缺乏必要的营养物质，影响手指末端的正常组织生长和代谢，也可能导致杵状指的出现。