小儿疱疹性咽峡炎主要是对症治疗，一般病程在1周左右。比如发热时，体温超过38.5℃可考虑用退烧药。
药物治疗方面
抗病毒药物：目前对于疱疹性咽峡炎，常用的抗病毒药物有干扰素α等，它可以抑制病毒复制，但一般是在病情较重或有特殊情况时使用。退烧药：如果孩子体温超过38.5℃，可以使用对乙酰氨基酚，它能起到退烧作用，不过要注意按照儿童的体重等情况合理使用，不能超量。
一般护理要点
休息方面：患病的小儿需要多休息，保证充足的睡眠，这样有利于身体恢复。一般每天保证10 - 12小时的睡眠时间比较好。饮食方面：要给孩子吃清淡、易消化的食物，比如小米粥、软面条等。避免吃辛辣、刺激性食物以及过烫的食物，因为这些食物可能会刺激咽部，加重不适。同时要让孩子多喝水，每天保证摄入1000 - 1500毫升的水，有助于缓解咽部不适和促进新陈代谢。
预防交叉感染
隔离方面：小儿疱疹性咽峡炎具有传染性，患病期间要注意隔离，避免带孩子去人员密集的场所，比如商场、超市等。一般隔离时间建议是发病后1 - 2周左右，防止将病毒传染给其他儿童。卫生方面：要注意个人卫生，教育孩子勤洗手，家长也要注意对孩子的玩具、餐具等进行定期消毒，可以用开水烫或者使用合适的消毒剂进行消毒。