灰指甲的治疗方法有多种，一般可以通过外用药物、口服药物以及手术等方式来处理。比如外用药物治疗，常用的有阿莫罗芬搽剂等，不过通常需要连续使用数月才能看到较好效果。
外用药物治疗
阿莫罗芬搽剂： 它是一种局部抗真菌药物，通过抑制真菌细胞膜的合成来发挥作用。使用时要先清洁病甲，然后将搽剂涂抹在病甲上，一般一周使用1 - 2次。但要注意，它对于较严重的灰指甲可能单独使用效果有限，而且涂抹时要避免接触周围正常皮肤。环吡酮胺乳膏： 也能抑制真菌生长，可直接涂抹在病甲及周围皮肤，每天使用1 - 2次。不过使用过程中如果出现局部皮肤红肿、瘙痒等过敏反应，应立即停药。
口服药物治疗
伊曲康唑： 属于口服抗真菌药，采用冲击疗法，即服用一周，停药三周为一个疗程，一般需要2 - 3个疗程。它能有效抑制真菌的麦角固醇合成，从而达到杀菌效果。不过服用伊曲康唑前需要检查肝功能，因为它可能对肝脏有一定影响，有肝脏疾病的患者要谨慎使用。特比萘芬： 也是口服抗真菌药物，一般每天服用一次，连续服用数周。它可以选择性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻断真菌细胞膜合成。同样，服用前也需要关注肝功能情况，孕妇和哺乳期女性要避免使用。
手术治疗
病甲清除术： 对于单发的灰指甲，可以在局部麻醉下，用手术刀片将病甲逐步刮除。不过术后要注意保持局部清洁干燥，防止感染，而且这种方法可能会有疼痛，并且病甲有复发再感染的可能。拔甲术： 适用于多个指甲受累的情况。通过手术将病甲拔除，但拔甲后创面恢复需要一定时间，期间要按时换药，防止继发细菌感染，而且拔甲后新长出来的指甲也有再次被真菌感染的风险。