胃溃疡和十二指肠溃疡的疼痛区别主要在于疼痛部位和疼痛时间有所不同，具体如下：
一、疼痛部位
胃溃疡疼痛主要集中在中上腹部，也就是剑突下的位置；而十二指肠溃疡的疼痛位置则在中上腹部偏右侧。
二、疼痛时间
胃溃疡的疼痛通常发生在餐后，一般经过3-4小时后疼痛会有所减轻，这种被称为餐后痛；而十二指肠溃疡的疼痛主要出现在餐前或进食后3至4小时，被称为空腹痛、饥饿痛，主要是两餐之间的疼痛，还有一部分患者会在夜间出现疼痛。
总的来说，胃溃疡和十二指肠溃疡在疼痛方面存在较为明显的差异，可通过这些特点来初步判断是哪种溃疡，但明确诊断还需结合相关检查。