双肾有囊肿的话，若不太严重，可在医生指导下服药治疗为宜，若较为严重，则通过手术切除的方式治疗更好。
一、药物治疗：当双肾有囊肿时，需及时前往医院，并进行B超检查。要是病情不算严重，可遵医嘱服用抗生素类药物来治疗，例如阿莫西林胶囊，其能发挥消炎杀菌的作用。
二、手术切除：倘若囊肿严重，且存在恶变倾向，对肾功能造成了严重损害，那就需要运用腹腔镜肾囊肿开窗术的方法予以治疗，以达到彻底治愈的效果。
总之，对于双肾囊肿的治疗，要根据具体病情选择合适的方法，严重时手术不可避免，不太严重时可先尝试药物治疗，同时要密切关注病情变化，遵医嘱进行相应处理。