复发性多软骨炎的病因目前尚未完全明确，可能与多种因素有关。目前认为遗传因素可能起到一定作用，有研究发现部分患者存在某些基因的异常，增加了患复发性多软骨炎的易感性。另外，免疫异常也被认为是重要因素，体内的免疫系统可能会错误地攻击自身的软骨组织，引发炎症反应，从而导致复发性多软骨炎的发生。
遗传因素相关
基因易感性：研究发现，某些人类白细胞抗原（HLA）基因与复发性多软骨炎的发病相关。例如，HLA-DR4等基因在部分复发性多软骨炎患者中出现的频率可能高于正常人群，提示基因遗传背景在发病中起到一定作用。家族聚集倾向：虽然复发性多软骨炎不是典型的单基因遗传病，但有一定的家族聚集现象。如果家族中有亲属患有复发性多软骨炎，那么其他家庭成员患病的风险可能会相对增加，但具体的遗传模式还不十分清晰。
免疫异常方面
自身抗体参与：在复发性多软骨炎患者体内，可能存在针对软骨组织的自身抗体。比如，有研究检测到患者血清中存在抗Ⅱ型胶原蛋白抗体等，这些自身抗体可以结合到软骨组织上，激活免疫系统的炎症反应通路，导致软骨组织的损伤和炎症持续存在。免疫细胞失衡：体内的T淋巴细胞等免疫细胞可能出现失衡情况。例如，辅助性T细胞1（Th1）和辅助性T细胞2（Th2）的平衡失调，Th1细胞过度活化，会分泌过多的促炎细胞因子，如干扰素-γ等，促进炎症的发生和发展，进而损伤软骨组织，引发复发性多软骨炎的一系列临床表现。
感染因素关联
病原体感染触发：某些病原体感染可能是复发性多软骨炎的触发因素。例如，有研究推测病毒感染，如腮腺炎病毒等感染后，可能通过分子模拟机制，使得机体的免疫系统将自身的软骨组织误认为是被感染的病原体，从而产生免疫攻击，引发复发性多软骨炎。不过目前关于感染与复发性多软骨炎的确切关联还需要更多的研究来进一步证实，但感染在其病因中被认为是一个可能的相关因素。