全身性疼痛可能由多种原因引起，比如纤维肌痛综合征，据统计，这类患者中女性发病率明显高于男性，约为3:1。
一、疾病因素导致的全身性疼痛
1. 自身免疫性疾病
类风湿关节炎： 这是一种以侵蚀性关节炎为主要特征的自身免疫病，会出现全身多个关节疼痛，尤其小关节受累常见，还可能伴有关节肿胀、畸形等。患者体内会产生异常的自身抗体，攻击关节组织。系统性红斑狼疮： 它可累及全身多个系统和脏器，患者常出现全身性疼痛，还可能有面部红斑、口腔溃疡、脱发等表现，发病与遗传、环境等多种因素相关，体内免疫系统紊乱是关键。
2. 感染性疾病
病毒感染： 如流感病毒感染，除了有发热、咳嗽等呼吸道症状外，还常常伴有全身肌肉酸痛、乏力等全身性疼痛表现，一般在感染后的1 - 2天内较为明显，体温恢复正常后，疼痛等症状也会逐渐缓解。细菌感染： 严重的败血症等细菌感染性疾病，细菌产生的毒素等会引起全身炎症反应，导致全身多处疼痛，同时可能伴有高热、寒战等症状。
二、非疾病因素导致的全身性疼痛
1. 过度劳累
长期从事重体力劳动或剧烈运动后，身体会产生大量乳酸等代谢产物，堆积在肌肉中可引起全身性疼痛，一般经过适当休息，1 - 2天内可逐渐缓解。比如长时间徒步旅行后，很多人会出现全身肌肉酸痛的情况。
2. 心理因素
长期处于精神紧张、焦虑、抑郁等不良心理状态下，可能会出现全身性疼痛的躯体化表现。例如一些慢性焦虑患者，会感觉全身多处隐隐作痛，但经过相关检查却没有明显的器质性病变。