阴茎根部长小肉疙瘩可能由多种原因引起，比如常见的珍珠状阴茎丘疹，这是一种良性病变，多见于20~40岁左右的男性，表现为阴茎冠状沟处或阴茎根部出现珍珠状、半透明的小丘疹。
可能的原因一：珍珠状阴茎丘疹
成因： 目前认为可能与局部刺激有关，比如包皮过长、个人卫生状况差等因素可能有一定关联。特点： 一般没有明显不适症状，丘疹大小均匀，排列整齐，不融合，颜色多为白色、黄色或淡红色。
可能的原因二：尖锐湿疣
成因： 由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起，主要通过性接触传播。特点： 初期为细小淡红色丘疹，以后逐渐增大增多，单个或群集分布，湿润柔软，表面凹凸不平，呈乳头样、鸡冠状或菜花样突起，颜色可为红色或污灰色。
可能的原因三：皮脂腺异位症
成因： 是由于皮脂腺发育的生理性变异和皮脂腺增生所致。特点： 表现为阴茎根部或阴茎皮肤上出现无明显隆起的、针头大小的黄白色小丘疹，一般无自觉症状。
可能的原因四：毛囊炎
成因： 多是因局部卫生不良，细菌感染毛囊引起。特点： 局部会有红肿、疼痛的小疙瘩，疙瘩中心可能有毛发贯穿，后期可能会有脓头形成。如果不注意局部清洁，经常搔抓等，就容易引发毛囊炎。