小肠出血最严重的后果可能是引起失血性休克，若不及时处理，短时间内可能危及生命。据统计，严重小肠出血导致失血性休克的死亡率在一定情况下可达到较高水平。
引发贫血及相关危害
慢性失血致贫血：小肠长期少量出血会逐渐引起慢性贫血，患者会出现面色苍白、头晕、乏力等症状。若出血未得到有效控制，贫血会进行性加重，影响身体各器官的正常功能，比如心脏长期在缺血缺氧状态下工作，可能导致心功能受损，出现心慌、气短等表现。急性大量出血致严重贫血：当小肠发生急性大量出血时，短时间内丢失大量血液，会使血红蛋白迅速下降，严重贫血会使机体重要脏器得不到充足的血液供应，进一步影响脏器功能。
影响营养吸收及生长发育（针对儿童）
儿童营养吸收障碍：儿童处于生长发育阶段，小肠出血会影响营养物质的吸收，如蛋白质、维生素、矿物质等的吸收不良，会导致儿童生长迟缓、体重不增、智力发育可能受到一定影响。因为小肠是人体吸收营养的主要场所，出血会破坏正常的吸收环境。阻碍正常代谢：长期的小肠出血会干扰身体的正常代谢过程，使得儿童的免疫力下降，更容易发生感染性疾病，影响其整体健康状况和正常的生长发育进程。
增加诊断与治疗难度
延误病情：小肠出血的位置较隐蔽，早期症状可能不典型，容易被忽视或误诊，从而延误最佳治疗时机。例如，少量间断出血可能被当作普通肠胃不适，没有及时进行针对性检查，导致病情逐渐加重。治疗复杂：由于小肠位置深在，传统检查手段有时难以准确找到出血病灶，给治疗带来困难。而且针对复杂的小肠出血情况，可能需要多种治疗手段联合应用，如内镜下治疗、介入治疗等，治疗过程相对复杂，对医疗技术和设备要求较高。