上呼吸道感染通常与细菌、病毒等病原微生物感染相关，此类致病菌侵袭呼吸道黏膜后，会致使气道等部位的黏膜产生炎症并出现肿胀。而在炎症感染较为严重时，患者便会呈现出连续的刺激性咳嗽、咳痰以及咽痛等不适表现，呈现出上呼吸道感染整夜咳嗽的情况，这时建议依照医嘱运用抗生素类、抗病毒类、止咳类或中成药等药物来进行治疗。具体如下：
一、抗生素类药物：倘若上呼吸道感染整夜咳嗽是因细菌感染所引发，就应及时根据医嘱服用抗生素类药物以进行抗感染治疗，例如头孢克肟胶囊、罗红霉素胶囊等。头孢克肟胶囊是一种口服的第三代头孢菌素抗生素，对部分革兰阳性菌及多数革兰阴性菌有抗菌活性，可用于治疗敏感菌所致的呼吸系统等部位的感染。罗红霉素胶囊是一种半合成的14元环大环内酯类抗生素，适用于治疗由敏感菌引起的呼吸道等感染。
二、抗病毒类药物：要是上呼吸道感染整夜咳嗽明确是由病毒感染导致的，可遵医嘱服用利巴韦林颗粒、磷酸奥司他韦颗粒进行治疗。利巴韦林颗粒对多种RNA和DNA病毒有抑制作用，常用于呼吸道合胞病毒引起的病毒性肺炎与支气管炎等。磷酸奥司他韦颗粒主要用于治疗和预防甲型和乙型流感。
三、止咳类药物：对于上呼吸道感染整夜咳嗽的患者，还能根据医嘱服用复方磷酸可待因口服溶液、氢溴酸右美沙芬片等止咳类药物来进行治疗。复方磷酸可待因口服溶液具有镇咳、祛痰、平喘、抗组胺等作用，适用于无痰干咳以及剧烈、频繁的咳嗽。氢溴酸右美沙芬片主要用于干咳，包括上呼吸道感染等引起的咳嗽。
四、中成药：上呼吸道感染整夜咳嗽的患者，可在医生指导下应用连花清瘟胶囊、双黄连口服液等中成药进行治疗。连花清瘟胶囊具有清瘟解毒、宣肺泄热的功效，可用于治疗流行性感冒属热毒袭肺证。双黄连口服液有疏风解表、清热解毒的作用，用于外感风热所致的感冒。
上呼吸道感染整夜咳嗽的患者建议在睡前将室内的温、湿度调整好，适宜的温湿度有助于减轻机体咽部的不适感，同时要注意保暖以及保持规律作息。
总之，上呼吸道感染整夜咳嗽需要根据具体感染类型选择合适的药物进行治疗，同时注意生活中的一些护理措施。