肝区隐痛可能由多种原因引起，比如常见的肝炎，据统计，我国乙肝病毒携带者约有9000万，乙肝患者发病时可能出现肝区隐痛情况。
肝脏本身病变导致
肝炎：
多种原因可引发肝炎，像病毒性肝炎（乙肝、丙肝等），乙肝病毒会攻击肝脏细胞，引发炎症反应，从而导致肝区隐痛。自身免疫性肝炎也是由于自身免疫系统错误攻击肝脏，造成肝脏炎症损伤，出现肝区不适。
肝硬化：
肝硬化早期可能有肝区隐痛表现，它通常是由长期慢性肝病发展而来，比如长期乙肝、丙肝控制不佳，或者长期大量酗酒等。肝脏质地变硬，结构改变，会引起肝区隐痛。
肝脓肿：
细菌等病原体感染肝脏形成脓肿，炎症刺激周围组织，会导致肝区持续或间断隐痛，同时可能伴有发热等症状，一般通过血常规等检查可发现白细胞升高等感染迹象。
胆道系统疾病引发
胆囊炎：
胆囊位于肝脏附近，胆囊炎发作时，炎症刺激可放射至肝区引起隐痛。胆囊炎多与胆囊结石有关，结石刺激胆囊黏膜，引发胆囊炎症，除了肝区隐痛，还可能有右上腹疼痛、恶心呕吐等症状。
胆结石：
胆结石在胆囊或胆管内移动时，可能会引起肝区牵涉痛。当结石堵塞胆管，会导致胆道梗阻，引发疼痛，还可能伴有黄疸等表现，通过B超等检查可发现结石位置。
邻近组织病变累及
胸膜炎：
胸膜靠近肝脏，胸膜炎发作时，炎症刺激胸膜，可导致肝区牵涉性隐痛。胸膜炎可能由细菌、病毒感染或自身免疫性疾病引起，除了肝区痛，还会有胸痛、咳嗽等症状。
右膈下脓肿：
膈下脓肿可累及肝脏周围组织，引起肝区隐痛。多是由于腹腔内其他感染病灶蔓延所致，比如阑尾穿孔、胃穿孔等引起的感染扩散至膈下，形成脓肿刺激肝区。