小肚子疼在临床上又被叫做小腹疼痛，怀孕三个月出现小腹疼痛，可能和子宫增大、子宫及子宫附件疾病、先兆流产等原因有关，需要结合孕妇的伴随症状来进行判断。
一、子宫增大：子宫持续增大时会牵拉韧带，从而引发牵扯痛，而且由于宫腔体积变大还会对周围器官形成压迫，这也会导致小腹疼痛的状况。在此种情况下，疼痛通常并不剧烈，也没有其他伴随症状，无需特殊处理。
二、子宫及子宫附件疾病：
1.卵巢囊肿蒂扭转：比如卵巢囊肿蒂扭转，由于在孕期孕、雌激素分泌较为旺盛，可能会使囊肿和肿瘤增大，此时便可能引起小腹疼痛。
2.子宫肌瘤：也可能导致小腹疼痛，需要通过B超进行观察。
三、先兆流产：可能与胚胎发育不良、宫颈口松弛等原因有关联，一般会出现下腹部的坠胀、不适感，当宫缩增强时会转变为下腹坠胀痛，疼痛呈阵发性，同时阴道会有分泌物流出。
此外，部分孕妇因饮食不当导致消化不良，会出现小腹疼痛或者腹泻的情况；还有部分孕妇因受凉引发肠痉挛，或者阑尾炎发作时都有可能引发此类情况。
如果孕妇小腹疼痛不明显，且没有伴随症状，可以适当休息，同时要注意饮食卫生，避免进食过于油腻、生冷的食物。但如果休息后不能缓解或者出现伴随症状，比如阴道流血等，建议及时前往医院就诊，以排除是否发生了先兆流产等病理情况。
总结概况提示：怀孕三个月小腹疼痛的原因多样，要根据具体情况判断，若疼痛不明显且无伴随症状可先休息观察，注意饮食等，若有异常则应及时就医检查。